Enten Transponder Meldingsbok er synkronisert med skoleadministrasjonssystem eller om du har importert brukere fra excel, er neste skritt å lage en overordnet gruppestruktur i Transponder. Ofte får man fra Skoleadministrasjonssystem inn en rekke faggrupper osv som man ikke nødvendigvis ønsker å vise i Transponder. På høyre side har man importerte/synkroniserte grupper. På venstre side lager administrator en overordnet gruppestruktur i Transponder, for deretter å flytte de ønskede gruppene over i Transponders overordnede struktur. Dette kan gjøres gruppe for gruppe eller ved drag and drop-funksjon, elev for elev. Man kan dessutenn lage egne miksede grupper (eks. elevrård) basert på drag-and-drop.